АНАТОЛИЙ СОЛОМОНОВИЧ БЕРГЕР родился 5 сентября 1938 года в Ленинграде. Отец — физик-спектроскопист, мать — музыкант. Раннее детство пришлось на годы войны. Семья была эвакуирована под Уфу вместе с военным заводом, где работал отец.
Семья Анатолия Бергера вернулась в Ленинград в 1944 году. После школы Бергер хотел поступить на исторический факультет университета, но «не прошёл по конкурсу» (не был принят из-за процентной нормы на студентов-евреев в советских вузах).
В 1962 Бергер окончил ленинградский институт культуры им. Н. Крупской; после этого два года служил в армии, в войсках ПВО в Заполярье на острове Витте; затем работал в библиотеке Эрмитажа, в институте растениеводства, в институте гидротехники, в издательстве Академкнига.
Бергер начал писать стихи в возрасте тринадцати лет. Первое свое стихотворение он опубликовал в 1962 году, когда служил в армии, в коллективном сборнике «И снова зовёт вдохновенье» (Л.,Лениздат, 1962), названном по первой строке этого стихотворения Бергера. Затем у Бергера были публикации в альманахах «День поэзии Ленинграда» (Л., 1964) и «Молодой Ленинград» (Л., 1966).
В 1969 году Бергер был арестован и осужден на 4 года заключения и 2 года ссылки по статье 70 ч. 1 УК РСФСР «за антисоветскую агитацию и пропаганду», то есть за неопубликованные стихотворения, пьесу «Моралите об Орфее» и эссе о поэтах серебряного века. По делу проходил Николай Браун, на суд приезжал Василий Шульгин. Срок заключения Бергер отбывал в лагере строго режима в Мордовии, после чего провел 2 года в ссылке, в посёлке Курагине Красноярского края. После освобождения и возвращения из ссылки Бергер работал экспедитором канцелярского склада (1976-79), затем библиотекарем в Горном институте. Когда в парижском журнале «Эхо» появились мемуары Бергера «Этап», напечатанные под псевдонимом Е. Горный, Бергера вызвали в КГБ, угрожали новым заключением и вынудили отказаться от издания подготовленного в Париже сборника стихов.
В 1981 Бергер выступил с докладом на неофициальной конференции, посвященной 95-летию Владислава Ходасевича. В 1982 году несколько стихотворений Бергера были включены в самиздатовскую антологию «Острова».
С 1986 года стихи Бергера снова стали появляться в официальной печати.
В 1989 году Бергер начал работать во Всесоюзном гуманитарном фонде им. А. С. Пушкина, возглавлял его филиал в Петербурге (до 1994), занимался издательскими проектами фонда. В 1994-96 Бергер входил в руководство издательства Интерстартсервис.
В декабре 1990 года приговор, вынесенный Бергеру в 1969 году, был отменен «за отсутствием состава преступления». В 1992 Бергер добился возвращения своего архива, конфискованного при аресте.
Анатолий Бергер — член Союза писателей Санкт-Петербурга (1992), Союза писателей России, Литфонда России и Международного литфонда, член Пен-клуба.
К настоящему времени изданы 17 книг стихов и прозы Анатолия Бергера, не считая публикаций в антологиях. сборниках, журналах, альманахах в России и за рубежом.